A Szentföldre tartó zarándokok részére 1070 k. Jeruzsálemban vendégházat alapított egy Gérard nevű – később boldoggá avatott – bencés szerzetes és néhány jó szándékú dél-itáliai kereskedő. Kápolnájukat Keresztelő Szt. János oltalma alá helyezték, így ezt a nevet viselte az intézmény is. Gérard vezetése alatt lassan renddé szerveződtek. Gérard követői számos új ispotályt és vendégházat hívtak életre a Szentföldön. Szt. János hívei hamarosan új vezetőt kaptak Raymond du Puy személyében, aki a betegek és zarándokok ellátása mellett a rend tagjai számára a pogányok elleni harcot is kötelességgé tette. II. Calixtus 1120-ban kiadott oklevele a Szt. János nevét viselő rendet már →lovagrendnek ismerte el. Kezdettől fogva volt női ága is. Az apácák a betegek ellátásával foglalkoztak, és külön kolostorokban éltek. Akkon 1291-i eleste után a megmaradt ~ a Szentföldről Ciprusra költöztek. A lovagok 1306 novemberében megrohanták Ródosz szigetét, és háromévi ostrom után elfoglalták. A törökök 1480-ban 160 gályával támadtak Ródoszra, majd 1522-ben ismét megostromolták, immár sikerrel. A lovagok többsége elesett, a romba dőlt erődöt föladták, és elvonultak a szigetről. V. Károly császár 1530-ban nekik adományozta Málta szigetét. A 16. sz.-ban a rendből kivált egy prot. ág, melynek jogállását 1648-ban a vesztfáliai béke szabályozta. Ma a prot. ág viseli a johannita lovagrend, míg a kat. ág a máltai lovagrend elnevezést.

A rend mo.-i megtelepedése II. Géza uralkodása idejére tehető, és nyilvánvalóan kötődik az 1147-ben az országon átvonult második keresztes hadjárat hatásaihoz. Hamarosan jelentős birtokokkal rendelkeztek az ország különböző részein. Legelső rendházaik és egyúttal a legfontosabb központtá kiépülő →konventjeik →Esztergomban, →Budán és →Székesfehérvárott keletkeztek. A későbbiek során a mo.-i rendházak a cseho.-ival együtt alkottak közös →rendtartományt. Esztergomban valójában három konvent jött létre, az első és legfontosabb 1150 k. Szentkirályfalva helységben (Szt. István-konvent), ez hosszú ideig a mo.-i johannita birtokok anyakonventje volt. Saját ispotály, hőforrás mellett működő →fürdő, öt falu és tizenkét révhajó tartozott hozzá. Az ásatások során kiderült, hogy a lovagoknak itt háromhajós, gótikus stílusban épült bazilikájuk volt. A második, a Szt. Keresztről elnevezett esztergomi rendházukban szintén ispotály működött. A harmadik johannita központ (Szt. Erzsébet-konvent) ugyancsak hőforrásokra épült fürdővel és →kórházzal rendelkezett. Budán létrejött szállásaik kezdettől fogva a hőforrások vizére alapozott fürdők és ispotályok révén fejlődtek önálló konventté, amiben közrejátszott Buda királyi székhellyé alakulása is. A mai Császár fürdő helyén jött létre a Szentháromság-rendház, amely még a 16. sz.-ban is működött. II. Ulászló gyakran járt ide fürödni. Ettől kissé távolabb volt a Szentlélekről elnevezett rendház, szintén hőfürdőkkel és ispotállyal, s a Gellért-hegy lábánál lévő források gyógyvizét használta egy további konvent. Székesfehérvárott Esztergommal egy időben jött létre a johannita rendház. Míg a rendházak fontossága változott, a Mór esztergomi érsek alapította Szt. István-lovagház a város 1543. évi elfoglalásáig kiemelkedő szerepet töltött be a rend hazai történetében. III. Béla megerősítő oklevele szerint a konventhez Somogy, Tolna, Zala és Fejér m.-ben 56 birtoktest tartozott. Amikor a tatár támadásának híre jött, a lovagok a náluk őrzött hiteleshelyi →pecsétet a szentföldi lovagokhoz küldték, nehogy a tatárok kezébe kerüljön. Jelentősen támogatta őket II. Géza és felesége. A király Jeruzsálemban külön templomot és vendégfogadót építtetett, amelyet a ~ gondjára bízott. Halála után a rend székesfehérvári konventjében temették el. III. Béla király még dalmáciai herceg korában, 1170 k. 10 ezer bizánci aranyat juttatott nekik, hogy Jeruzsálem környékén birtokot vásároljanak. Trónra kerülése után a ~ voltak fő támaszai, amit gazdag birtokadományokkal és kiváltságokkal jutalmazott. Hasonlóképpen cselekedett fia, Imre király is. Különösen sok adományt kaptak II. Andrástól, aki sokszor fordult támogatásért a János-lovagokhoz, időnként pénzt is kért kölcsön. Uralkodása alatt vált önálló rendtartománnyá a ~ mo.-i szervezete. Első, név szerint ismert →perjele Pontius de Crice volt, őt követte 1225-ben Rembaldus. A király 1217-ben juttatott jelentős adománya fejében kikötötte, hogy valamennyi férfi utódja – születésétől – tagja lehessen a rendnek. II. Andrást a rend lovagi viseletében temették el.

Fia, IV. Béla szintén megbecsülte a János-lovagokat. A muhi csatában, majd az azt követő menekülésben nekik (és a →templomosoknak) köszönhette életét. A tatárok elleni harcban tanúsított bátorságukért IV. Béla 1247-ben az egész Szörényi bánságot nekik adta, megtoldva Moldva egyes részeivel. A Duna mentén épült új várak védelmét is a johannita lovagokra bízta. Míg a templomosok között elsősorban francia lovagokat, a ~ között inkább itáliaiakat lehet találni, számottevő volt azonban a magyar rendtagok arányának növekedése. A népnyelv vörös köpenyük után veres barátoknak is hívta őket. Amikor az Árpád-ház kihalása után megindult a harc a magyar koronáért, a lovagok pápai utasításra I. Károlyt támogatták. Segítették a tartományurak leverésében is. 1312-ben harcoltak a rozgonyi csatában Csák Máté és az Amadé fiak ellen. Szembetűnő, hogy a johannita rendházak legnagyobb része a Dunántúlon volt található. A Dráván túli országrészekben 14 lovagházról tudunk, sokkal kevesebb volt Felső-Mo.-on, Erdélyben pedig csak a Torda mellett lévő konventről van adatunk. A Tiszántúlon és a Duna–Tisza közén alig tudunk rendház működéséről. Feltehetően Szegeden volt egy ispotályuk és templomuk, az alsóvárosi ferences kolostor helyén. Mindebből azt lehet megállapítani, hogy a lovagok a hazánkon átvonuló keresztes hadjáratok útiránya mentén kapták birtokaikat, főként a Dunántúlon és a dalmát tengerparton, hogy biztosíthassák a tengeri összeköttetést a szentföldi – később ródoszi – központtal. A rend megkülönböztetett helyzetét nemcsak a birtokok, hanem kiváltságok, mentességek is garantálták. Nem kellett →tizedet fizetniök, saját szolgáikat csak a királyi bíróság vonhatta felelősségre, mentesek voltak az adók fizetése alól is. A királyi kegy tényleges jövedelmeiket is megnövelte. II. András nekik juttatta sójövedelmének egy részét, valamint a soproni kapuvám kétharmadát. 1215-ben a király a párkányi vámot az esztergomi káptalanra hagyta, de kikötötte, hogy az érsek Szép nevű birtokát a ~ használják. A beregi egyezményben az egyházi testületeknek járó sómennyiség szabályozásakor leszögezték, hogy a János-lovagokat a szegedi beváltóhelyről járó →sóért hajónként 10 márka illeti meg.

A rend konventjei a →hiteleshely szerepét is betöltötték. Imre király özvegye VI. Lipóthoz menekült, de 30 ezer márka értékű készpénzét és ékszereit a lovagok esztergomi házában helyezte el megőrzésre. Az →Aranybulla hét példányából az elsőt a pápának küldték, a másodikat viszont a ~ kapták. A hazai hiteleshelyek között tehát az első helyet töltötték be. Esztergomi rendházuk gyakran volt országos jelentőségű összejövetelek színhelye. A lovagrend mo.-i levéltárának nagy része elpusztult, csak a székesfehérvári konvent anyaga maradt meg. Az említett két fontos hiteleshely mellett hasonló funkciót töltött még be a budafelhévízi, a csurgói és a tordai rendház is. A hatalmas birtok gyakran képezte földesúri vagy egyházi méltóságok támadásának célpontját, vitás, peres ügyeiknek nem volt se vége, se hossza. A 13. sz. folyamán hosszú pereket folytattak a veszprémi püspökkel, a pannonhalmi és a zirci apáttal a tizedek begyűjtése miatt. A per sok pénzbe került. Emiatt a ~ gyakran zálogosítottak el birtokokat. A 14. sz.-ban jelentős súlyponteltolódás figyelhető meg a renden belül. A ~ templomosoktól szerzett birtokaik közül a dalmát tengerparton, Zárától nem messze fekvő vránai konvent egyre nagyobb szerepet kapott. Az itteni perjel, Cornuto Péter 1347-ben egyesítette a johannita tartományi elöljáró és a vránai perjel címét, így ez a ródoszi központhoz közelebb eső hely lett az új johannita központ.

A 14. sz. végétől megindult a rend hazai hanyatlása, aminek belső okai a trónviszályokban való részvételben és a dalmáciai túlsúlyban keresendők. 1543-ban a török elfoglalta Esztergomot, majd Székesfehérvárt is, ezzel a ~ valamennyi jelentős rendháza török kézre került. Ekkor bizonyosodott be, hogy az egyenlőtlen területi megoszlásnak milyen hátrányai voltak. 1594-ben Bertrucci Ferenc Antal lett a vránai perjel, ő az utolsó, aki érdemben töltötte be ezt a tisztet. Az őt követő többi személy – rendszerint a terület osztrák katonai parancsnoka – már csak címként viselte a méltóságot. Utolsó rendházukat, a sopronit 1636-ban átengedték a →jezsuitáknak, ezzel Mo.-on a ~ tevékenysége gyakorlatilag megszűnt. A török kiűzése után, a rend mo.-i visszaállítására tett kísérletek nem jártak sikerrel.

A ~ mo.-i építkezéseiről keveset tudunk. Az eddig előkerült és feltárt építmények alapján a korabeli hazai hagyományoktól jelentősen eltérő stílus tűnik fel. Az elsősorban kör alakú, 6 és 12 karéjos, fülkekoszorús vagy más hasonló elrendezésű, a 12. sz. végére, a 13. sz. elejére datálható templomok talán II. András szentföldi keresztes hadjáratával hozhatók összefüggésbe. A templomok védőszentjeinek névsorából meg lehet állapítani, hogy az alapítók közül ki vett részt keresztes hadjáratban, szentföldi vagy compostelai →zarándoklaton. Az egyes vélemények szerint johannita építésű körtemplomok (Gerény, Karcsa) Szentföldre utaló jele a jellegzetes alaprajz és a tégla használata. (Más kutatók a rotundák és a ~ közötti kapcsolatot tagadják.) Határozott vélemények szerint a kiszombori körtemplom is johannita befolyásról árulkodik. A ~ és a templomosok hazai gazdagsága, tekintélye és jól szervezett birtokai bizonyára lehetővé tették, hogy saját építőmesterekkel is rendelkezzenek. Az említett kör alakú, 6 és 12 fülkés, ill. téglából készült négykaréjos és sokszög alaprajzú templomok és kápolnák legtöbbje nem plébániaként, hanem emlék- vagy temetőkápolnaként jött létre. Ezek a Szentföldet megjárt építtetők igénye szerint átvették a hazai →rotundák vonásait, de szentföldi módosításokkal.