A lutheri ~ első jelei 1521–22-ben jelentkeztek Mo.-on, az 1523-as és 1525-ös országgyűlések egy-egy törvénycikkben foglalkoztak az új eretnekség szankcionálásával. A mohácsi csata előtt kizárólag a német városi lakosság körében terjedt a mozgalom, első jelentős magyar anyanyelvű hirdetője, →Dévai Bíró Mátyás 1530-ban kezdte reformátori tevékenységét. Az 1540-es évektől kezdve szerveződtek meg az ev. egyház keretei (elsőként a Balatontól délre és északra, a Mátyusföldön, a felső-mo.-i városokban és Erdélyben), ezeknek a nagyobb egységeknek az élén senior vagy szuperintendens állt, aki papokat is szentelt, azaz →püspöki funkciókat gyakorolt (pl. →Bornemisza Péter, Dávid Ferenc, →Huszár Gál, →Sztárai Mihály). Egyes területeken (pl. a Dunántúlon) a →katolikus egyházszervezet mellett jöttek létre ev. gyülekezetek, másutt (pl. a Szepességben) →plébániák egész sora csatlakozott az új irányzathoz.

A legfontosabb teológiai orientációt a wittenbergi egyetem jelentette. A 16. sz.-ban több mint ezer mo.-i hallgató fordult meg itt (→peregrináció). Az ev.-ok első zsinatain megfogalmazott hitvallások (erdődi zsinat, 1545; eperjesi zsinat, 1546; Az erdélyi szász egyházak reformációja, 1547; Ötvárosi Hitvallás, 1549; Consensus doctrinae, 1557; Bányavárosi Hitvallás, 1559; Szepesi Hitvallás, 1569) Philipp Melanchthon hatása alatt álltak. A meglévő latin iskolák átszervezésével és újak alapításával ugyancsak a melanchthoni humanista iskolareform szellemében jött létre az (1600 k. több mint száz intézményből álló) ev. →iskolahálózat. A nemesi patrónusok és a városi magisztrátusok támogatása az anyagi alapokat, míg a külföldi egyetemeken képzett tanárok a magas színvonalat biztosították. A középfokú iskolák között tartósan kiemelkedett az akadémiai tárgyakat is oktató soproni líceum (1557), pozsonyi líceum (1606) és eperjesi kollégium (1667).

            A pozsonyi német evangélikusok temploma 1638-ban, 1640-es lőcsei nyomtatványban

A 16. sz.-ban a királyi Mo.-on az ev. egyház formálisan még nem vált el a kat. egyházszervezettől, a világi hatóságok hallgatólagosan megtűrték ugyan, de ez a kölcsönös kompromisszumkészségen nyugvó törékeny béke törvényes biztosíték híján időről időre veszélybe került. A közjogi elismerés az ev.-ok (és a ref.-ok) számára először az 1606-os bécsi békében, majd az azt törvényerőre emelő 1608. évi I. törvénycikkben született meg. Az 1609-ben nádorrá választott →Thurzó György hívta össze és vezette le 1610-ben a zsolnai zsinatot, mely a (3-3 vármegyét összefogó) biccsei, a bajmóci és a bányavárosi egyházkerületek életre hívásával megteremtette az ev. egyházszervezetet és gondoskodott a püspökök megválasztásáról. A lelkészjelöltek felavatása addig főleg Wittenbergben vagy a sziléziai Briegben történt, 1610-től kezdve viszont az egyházkerületenként vezetett ordinációs (azaz: pappá szentelési) anyakönyvek szinte hézagmentes lelkészi névsorokat tartalmaznak. A zsolnai döntéseket egészítette ki az 1614-es szepesváraljai zsinat az ún. ötvárosi egyházkerület megszervezésével.

A bécsi békét követő évtizedeket az ev. egyházi élet és kultúra virágzása jellemezte, ezt leginkább a Mo.-on megjelent nyomtatványokon tudjuk lemérni: négy nyelven (magyarul, németül, csehül és latinul) nagy tömegben jelentek meg könyvek az ev. templomok és iskolák számára, sőt már az ún. kegyességi irodalom termékei is – egyéni olvasásra és otthoni felolvasásra. Ennek a békés fejlődésnek az ún. gyászévtized (1671–81) vetett véget a gályarabperekkel, halálos ítéletekkel, várfogsággal, több száz lelkész emigrációjával, a templomok és iskolák többségének bezárásával és elvételével. A gályarab-irodalom viszont Európa figyelmét felhívta a mo.-i prot.-ok sorsára, s az emigránsok személyes befolyásukkal, ösztöndíjak, jótékonysági alapok létrehozásával a következő nemzedék számára jelentősen megkönnyítették a külfölddel való kapcsolattartást, az egyetemjárást és az új teológiai irányzatok recepcióját. Az üldözöttek emlékirataiból nőtt ki az egyháztörténet-írás (→protestáns egyháztörténet), sőt részben a →historia litteraria is (id. és ifj. →Burius János).

       Sopron, az Eggenberg-ház, szószékerkéllyel             A pietizmus előfutára: Johann Arndt (1555–1621)

Az 1681-es soproni országgyűlés volt hivatott a vallási sérelmeket orvosolni és a vallási békét helyreállítani. Megengedte az emigránsok hazatérését, rendelkezett, ahol tudott, az elvett templomok visszaadásáról, s a prot.-ok számára templomépítésre kijelölt 11 észak-nyugati vármegyében összesen 22 községet (ebből 20-at az ev.-oknak), ezek az ún. →artikuláris helyek, a többi 19 vármegyében a status quo fenntartását írta elő, s az egyenként felsorolt 16 végvárban, valamint a szabad királyi és a →bányavárosokban rögzítette a szabad vallásgyakorlatot. A taxatív felsorolás ellenére az 1681:26. törvénycikk igencsak homályosan fogalmazott, s a következő évszázad másról sem szólt, mint ennek a törvényhelynek a megszorító értelmezéséről. Természetesen a hadiszerencse (a török háborúban, Thököly és Rákóczi szabadságharcai idején) és a bécsi politikai irányelvek változásai is érzékenyen befolyásolták a királyi, a vármegyei és az egyházi hatóságokat a jogalkalmazásban: hol tágabban, hol szűkebben fogták föl a joghatóságuk alatt élő nem kat.-ok szabadságát.

Az 1705-ös szécsényi országgyűlés vallásügyi rendelkezéseit követve ült össze 1707-ben Rózsahegyen →Petrőczy István és →Krmann Dániel elnökletével az ev.-ok zsinata: az ekkor meghatározott négy egyházkerület már az egykori hódoltsági területeket is magában foglalta oly módon, hogy az egykor Észak- és Nyugat-Mo.-on kialakult kerületek egészen az ország déli határáig húzódtak. Döntöttek egyházfegyelmi és liturgiai kérdésekről (→protestáns liturgia 1.), s életre hívtak két konzisztóriumot mint politikai képviseletet és törvénykező testületet főnemesi vezetőkkel az élükön. A zsinat határozatait azonban nem hajtották végre, mert az 1712-es országgyűlés ezeket a Rákóczi-korszak minden döntésével együtt törvénytelennek és semmisnek nyilvánította.

Az 1715-ös országgyűlés hozta létre a →Vallásügyi Vegyes Bizottságot – melybe az uralkodó és a rendek is delegáltak tagokat – a vallási sérelmek kölcsönös kivizsgálására és orvoslására, egyidejűleg vallási téren teljes változtatási tilalmat rendelt el. A bizottság utóbb működésképtelennek bizonyult, s munkájának csak abban mutatkozott meg hatása, hogy az itteni vitákban fogalmazódott meg az a koncepció, mely III. Károly két jelentős rendeletét, az első (1731) és a második →Carolina Resolutiót meghatározta. Az uralkodó ezekben visszatért a soproni törvénycikk megszorító értelmezéséhez: a 11 északnyugati vármegyében kizárólag az artikuláris helyeken tűrte meg a prot.-ok nyilvános vallásgyakorlatát, a rendelet megjelenése után minden más helyen erőszakkal vetettek véget az ev. kultusznak. A többi vármegyében továbbra is a status quo fenntartása volt a cél, viszonyítási pontként immár a pesti bizottság összeülése (1719) szolgált: amely gyülekezetek hitelt érdemlően bizonyítani tudták, hogy már ez előtt templomuk volt, papot tartottak, azokat nem háborgatták, míg az utóbb alakult közösségeket (főleg a török uralom alól frissen felszabadult területeken) üldözni kezdték.

A törvény és a Károly-féle rendelet végrehajtása vármegyénként igen eltérő volt. Az elvileg „privilegizált” Somogy m.-ben pl. kvázi artikuláris helyeket jelöltek ki az ev.-ok számára, míg a „megszorított” Nyitra és Szepes m.-kben a hatóságok túltették magukat a törvény betűjén, és nem ott felsorolt községeket tekintettek „artikulárisnak”.

A rendelet ugyanakkor a magán vallásgyakorlatot, azaz vallásos könyvek családi körben való olvasását kifejezetten megengedte. Ezt a lehetőséget használták ki főleg a →pietizmus mozgalmához tartozó szerzők (→Bárány György, →Sartoris János, →Torkos András, →Vázsonyi Márton), hogy házi összejövetelekkel helyettesítsék betiltott istentiszteleteiket. Műveik (áhitatos-, ima- és énekeskönyvek) jellemző módon hazai nyomdákban, ám hamis impresszummal jelentek meg, ill. kivételesen egy titkos nyomdában is (→Kőszeg nyomdászata és könyvkiadása).

Második rendeletében (1734) Károly mindkét prot. felekezet egyházkerületeinek számát négyben korlátozta, ez mindkét egyházban korábbi kerületek egyesítéséhez vezetett. Az ev.-oknál az egykori biccsei és bajmóci püspökség területén jött létre a Dunáninneni, s az addigi ötvárosi és gömöri szuperintendencia egyesülni kényszerült mint Tiszai Egyházkerület, míg a Dunántúlon és a Bányakerületben a meglévő állapotok rögzültek.

A Carolina Resolutio olyan hatással is járt, hogy a prot.-okat korlátozta vármegyei és városi hivatalok betöltésében. Az ilyen módon tétlenségre kárhoztatott nemesek és polgárok annál készségesebben vállaltak egyházukban világi feladatokat, mely meggyorsította a felügyelői, gondnoki tisztségek és a presbiteri testületek elterjedését. Másrészről a magas hivatali patrónusok nélkül maradt prot. egyházak még inkább rászorultak laikus tisztségviselőik támogatására. A királyi rendeletre létrejött új egyházkerületekben már mindenütt választottak (nemesi rendű) egyházkerületi felügyelőt is, 1758-tól kezdve pedig az ún. egyetemes felügyelő (generalis inspector) képviselte az ev. egyházat az uralkodó és a kormányszervek előtt. Ezzel egyidejűleg ült össze az egyház vezető testülete, az ekkor még csak világiakat tömörítő egyetemes gyűlés.

II. József →Türelmi Rendelete (1781) után tömegesen jelentkeztek addig rekatolizáltnak tekintett falvak lakói, s rövid időn belül közel 500 helyen nyerték el a jogot, hogy újra ev. lelkészt és tanítót tarthassanak, imaházat és iskolát építhessenek. Az ily módon erőre kapott, létszámában megnövekedett egyház újjászervezése és a toleráns valláspolitikát rögzítő 1791:26. törvénycikk gyakorlati alkalmazása az 1791-es pesti zsinat feladata lett.