A kolozsvári unit. iskola a középkori városi plébániai vagy humanista iskolából vált előbb ev.-sá, aztán ref.-sá, 1568-ban pedig antitrinitáriussá (→iskolahálózat 2.c). A 18. sz. közepéig nagyon szerény könyvtárral rendelkezett. Azt az igen fontos szerepet, amelyet más prot. iskolák – pl. a brassói ev. líceum vagy a debreceni és sárospataki ref. kollégium – könyvtárai játszottak felekezetük művelődésében, a kolozsvári unit.-ok esetében az egyházközség könyvtárának kellett betöltenie. Jelentősége különösen nagy volt az 1660-as évek végétől, amikor mint „bibliotheca publica”, azaz közösségi használatú nyilvános könyvtár működött.

A kollégiumi könyvtár történetének első két évszázadáról, amelynek során a bibliotékát három alkalommal is újraalapították, nagyon kevés forrás szól.

Az óvári iskolában működött első könyvtárról az 1596. évi renováláson és két 1599-ben megvásárolt köteten kívül nincs más ismeretünk. A könyvtárt 1603-ban Giorgio Basta katonái feldúlták, és nemsokára az iskola épületét is át kellett engedni a jezsuitáknak. 1605-ben tehát, amikor az iskola ismét unit. tulajdonba került, minden bizonnyal újra kellett alapítani könyvtárát.

Az ezt követő évtizedek legfontosabb könyvtörténeti forrásai a kollégium seniorai által vezetett jegyzőkönyvek. A Fasciculus rerum scholasticarum c. sorozat első két kötete 1626–84 között csupán két könyvajándékozásról tesz említést. Ezeket a könyveket meg is találjuk a coetus könyveinek ugyanitt feljegyzett nyolctételes jegyzékében (1684). Lehetséges, hogy e jegyzékben szerepelnek azok a könyvek is, amelyeket az egyházi tanács az elhunyt Dálnoki Nagy János kolozsvári lelkész javaiból (1665) szánt a kollégiumnak. Ez időben a könyvtár adományozás révén 5 kötettel gyarapodott, majd az immár 13 kötetet számláló állomány a Fasciculus szerint 1689-ben további 3 könyvvel egészült ki. 1693-ban, amikor az óvári iskolát át kellett engedni a kat.-oknak, könyvtárát a Szt. Mihály-templomban helyezték el, az egyházközség könyvtára mellett. A következő hét év alatt egyetlenegy könyvajándékozásról van tudomásunk.

1700-ban ezen első könyvtár anyagától teljesen független könyvtárt kezdtek kialakítani a piaci iskolában. Alapja Nagybányai István egykori senior adománya (1700) volt. A könyvtár 1700-ból származó két könyvjegyzéke közül csak az egyik maradt fenn, a Nagybányai-jegyzék továbbra sem ismert. Ma Nagybányainak 30 olyan könyvét és 1 olyan kéziratát ismerjük, amely vlsz. először ide, a piaci iskolába került, viszont csak 2 könyvébe írták be a coetus possessorbejegyzését. Az unit. egyháztörténet szerint Mártonffy György kat. püspök 1718-ban már 100 vagy 200 kötetet válogathatott ki és vihetett el e második könyvtárból, amikor a Szt. Mihály-templom után két évvel a piaci iskola is kat. kézre került.

A második könyvtár állományából meghagyott könyvek 1722-ben vagy utána az iskola új épületében, az ún. Huszár-házban felállított harmadik kollégiumi könyvtárba kerültek, amelynek valódi alapját azonban Várfalvi Pálfi Zsigmond püspöknek 1737-ben a kollégiumra hagyott 93 kötetes magánkönyvtára jelentette (közülük csak 6-ban található meg a kollégium possessorbejegyzése). 1738-ban az unit. egyházközség könyvtárából visszakapott könyveket is ugyanitt helyezték el úgy, hogy a kollégium diákjai is használhassák azokat. A két könyvtárnak közös diákkönyvtárosai is voltak, nevüket az 1740-es évektől ismerjük. A harmadik könyvtárral kapcsolatos források arról tanúskodnak, hogy a kollégiumi bibliotéka ekkortájt, a 18. sz. közepétől vette át az egyházközségi könyvtár művelődésszervező szerepét.

A 18. sz. közepétől több magánszemély hagyatéka – Kmita János (?), Szentmártoni József (1755), Tordátfalvi György (1777), Kökösi György (1791) és Suki László (1791) –, 1800–10 között pedig az egyházközség könyvtára gazdagította a kollégiumi bibliotéka állományát.