A szentháromság-tagadó tanok (→radikális reformáció) a 16. sz.-ban Erdélyen kívül elterjedtek a Partiumban és a Dunántúlon is. Az unit. hitélet a későbbi századokban – a 20. sz.-i fejleményeket nem tekintve – azonban lényegében Erdélyre korlátozódott, egyházszervezet is csak itt alakulhatott ki, s János Zsigmond halálával (1571. márc. 14.) Erdélyben is védekező pozícióba kényszerült.

Az egykori gyulafehérvári kat. püspökséget felváltó prot. szuperintendencia a politikai-etnikai szerveződés révén 1566–67 körül szebeni (szász) és kolozsvári (magyar) püspökségre tagolódott. Ez a helyzet közel egy évtizedig állt fenn. Az adott területen élő gyülekezetek vagy a szebeni, vagy a kolozsvári püspök fennhatósága alá tartoztak, függetlenül attól, hogy a ~ mely irányzatát követték. A kolozsváriak ev., majd helvét irányba forduló püspöke, Dávid Ferenc volt az, aki 1568 januárjától szószékéről már antitrinitárius eszméket hirdetett. Személyében nemcsak az első antitrinitárius püspököt tisztelhetjük, de a szervezett egyház létrehozóját is, amely szervezetileg nem különbözött más prot. felekezetektől. Mindez nem azt jelenti, hogy Kolozsvár – és a püspökség – minden papja és a hívők egy csapásra elhagyták volna korábbi hitüket.

1567-től János Zsigmond fejedelem az antitrinitáriusoknak adta a gyulafehérvári nyomdát, itt és – Heltai Gáspár Dávid Ferenchez pártolása után – a kolozsvári Heltai-nyomdában jelentek meg az első unit. teológiai munkák és propagandairatok, mindenekelőtt Dávid Ferenc munkái.

A hagyomány az egyház megalapítását 1568-ra teszi, összefüggésben a tordai országgyűlés határozatával, amely a másik három bevett vallás (kat., luth., helvét irányt követő) mellett az antitrinitárius – dogmatikailag még nem egységes – tanokat is hirdethetőnek ítélte. Az unitárius elnevezés először az 1600. okt. 25. és nov. 4. között tartott lécfalvi tábori országgyűlés vallásügyi határozatában fordul elő; az egyház hivatalos nevévé az 1638. évi ún. dési complanatio után vált. Ugyanekkortól kötelezték hitelveikkel ellenkező hitéletre az unit.-okat: Jézus istenként való imádására, a Szentháromság nevében való keresztelésre, könyveik cenzúráztatására. Megkezdődtek az erőszakos térítések, a templomelvételek, amelyek 1691-től, a Habsburg-berendezkedés kezdeteitől csak fokozódtak: az unit.-ok elveszítették főiskolájukat, 1716-ban a kolozsvári egyházközség összes templomát, (1696-ban alapított) nyomdájukat.

Teológiai szempontból jelentős →Enyedi György (1592-től püspök) 1598 e. kiadott latin nyelvű, unit. szellemű bibliamagyarázata (Explicationes locorum Veteris et Novi Testamenti…), amely 1619-ben →Toroczkai Máté fordításában magyarul is megjelent (A szentháromságot bizonyító ó- és újszövetségi helyek magyarázatai…).

Nagy hatású imakönyvet írt →Árkosi Tegző Benedek (1630–61) orvos, teológus, akinek munkái azonban nyomtatásban csak a 18. sz.-ban jelenhettek meg. A Hétbeli minden napokra rendeltetett elmélkedések c. munkájában lévő imádságokat és elmélkedéseit a lelkészjelölteknek és tanítóiknak – az egyházi rendelkezés értelmében – le kellett másolni és megtanulni.

Az egyházi rendtartások sorát →Valentinus Radetius püspöké nyitja meg (1626). Ezt dolgozta át és adta ki újra →Almási Gergely Mihály püspök (1694). Az első antitrinitárius kátét Dávid Ferenc állította össze 1566-ban. 1663-tól a püspöki tisztet betöltő Koncz Boldizsár írt kátét, amely azonban csak 1698-ban jelenhetett meg nyomtatásban. Van tudomásunk egy 1648–49 k., legalább részlegesen (→Szenci Kertész Ábrahám váradi nyomdájában) kinyomtatott – ismeretlen szerzőjű – unit. kátéról is.

Az egyházszervezet megreformálása Almási Gergely Mihály püspök érdeme. 1693-ban rendelte el az egyházközségi gondnokok választását és a templomi perselyes gyűjtést. 1718-tól a világi hívek egyre inkább bekapcsolódtak a szorosabban vett egyházi munkába, a püspök mellé főgondnokokat és főgondnok-helyetteseket, az esperesek mellé felügyelőgondnokot választottak, a híveket bevonták az egyházi vagyon kezelésébe, pénzalap gyűjtésébe, az árkosi zsinat (1724) pedig az egyház kormányzását egyháziakból és világiakból álló tanácsra bízta (ebből fejlődött ki az egyházat ma is irányító Egyházi Képviselő Tanács). A Zsinati és Egyházi Főtanácsnak mint legfőbb törvényhozó testületnek az alapjait a kissárosi zsinat rakta le 1729-ben.

A 18. sz. legnagyobb unit.-ának, az egyház második alapítójának tartott, Hollandiában tanult →Szentábrahámi Lombard Mihályt 1737-ben választottak meg püspöknek. Részletesen szabályozta az egyház életét, évente tartott zsinatokat, a papoknál bevezette a kinevezési okmányt, a gyülekezetek vagyonának éves számbavételét stb. Legfontosabb tette azonban a hitelvek összefoglalása volt Systema universae theologiae Christianae c. tankönyvében. Életében nem jelenhetett meg, de kéziratban terjedt. Kinyomtatására csak a Türelmi Rendelet után, 1787-ben kerülhetett sor. Bár →Kozma Mihály már a következő évben magyarra fordította, a magyar változat csak 1899-ben látott napvilágot, s nem Kozma, hanem Derzsi Károly tolmácsolásában.

1767-ben kezdte írni →Kénosi Tőzsér János bágyoni lelkész az Unitario-ecclesiastica historia Transylvanica c. munkáját. Ezt folytatta – forrásait elődjénél kevesebb kritikával kezelve – →Uzoni Fosztó István bágyoni lelkész, majd Kozma Mihály szentgericei lelkész és fiai: Mihály, János és Gergely. A monumentális munka – noha nem mentes mesés elemektől, apologetikus felhangoktól – az unit. egyház történetének legrészletesebb leírása s legjobb forrása. Az eredeti mű csak 2002-ben jelent meg, Márkos Albert több mint fél évszázada készített magyar fordítása (Az erdélyi unitárius egyház története) pedig 2005-ben, ill. 2009-ben.

A 18. sz. végének jelentősebb egyházi reformjai közé tartozott a papmarasztalás intézményének megszüntetése (1778) és a presbitériumok megalakítását elrendelő egyházi törvény (1785). Az előbbi helyett az ún. rendelést vezették be, amelynek értelmében a belső embereket a konzisztórium rendelte ki, erre az egyházközségeknek nem volt befolyása; az utóbbi intézkedés nagymértékben elősegítette az egyház demokratikus, a világiak véleményére fokozottan figyelő irányultságát.

Lázár István (1742–1811) püspöksége alatt közel 40 új, unit. célokat szolgáló épületet emeltek. Lázár megszüntette azt a régi hagyományt, mely szerint a püspökök évente lemondanak és megbíráltatnak. Egyházlátogatási jegyzőkönyvei fontos művelődéstörténeti források.

1796-ra elkészült a kolozsvári egyházközség új temploma, 1804-ben pedig megnyitotta kapuit a jórészt közadakozásból felépült székelykeresztúri középiskola.

A keresztséggel kapcsolatban az unit. gyakorlat – szemben a többi prot. felekezettel – nem egységes. Leggyakoribb a csecsemőkeresztelés, de – Dávid Ferenc tanítása nyomán, aki a csecsemőt az eredendő bűntől mentesnek tekintette – a kiskamaszkori vagy felnőttkori keresztelés is elfogadott (amikorra valaki tudatosan vállalja hitét). A keresztelés az Atya, a Fiú és a Szentlélek nevében történik, amely azonban az unit. felfogás szerint nem azonos a Szentháromsággal.

ld. még: radikális reformáció