A középiskolát a 16. sz. közepén alapították (→iskolahálózat 2.a), és kezdettől fogva könyvtár is tartozott hozzá. A század végére már több mint 500 kötetről van tudomásunk, amelyek legnagyobb része az iskola rektorainak könyvgyűjteményeiből származott. Ennek köszönhetően az akkori állományt főképpen friss szellemiségű tankönyvek és tanári kézikönyvek alkották. A szakirodalmi hagyomány szerint 1600-tól főállású könyvtárost alkalmaztak. Erre azért volt szükség, mert a könyvtárat – Mo.-on az elsők között – nyilvánossá tették. A folyamatos beszerzés (ajándékozás, vásárlás, hagyatékok) eredményeként a bibliotéka szépen gyarapodott, így 1772-ben helyszűke miatt át kellett telepíteni. A 18–19. sz. folyamán a gazdag adományoknak (Goldberger Imre, Cornides Pál, Jóny Tivadar, Szirmay Sándor, Engel Sándor) köszönhetően az állomány gyors ütemben nőtt. Igazán értékes részét az →ősnyomtatványok, a reformáció és a pietizmus korának írásbeli termékei képezték, a későbbi korok irodalma azonban meglehetősen felhígította az állományt. Az 1980-ban mintegy 100 ezerre tehető könyvből több mint 2000 volt a kéziratok és több mint 3000 a 16. sz.-i nyomtatványok száma.